Самое простое, что могу предложить это на каждый улей повесить по компьютеру с транспозером и анализатором.
Будет очень избыточно, но можно бесконечно расширять и распараллеливать процесс селекции.
Можно анализировать руками, складывать в общее хранилище, откуда они будут забираться для селекции.
А вообще, это все довольно быстро делается руками - размножаются нужные породы, пачками скрещиваются, сортируются и размножаются заново.