Состояние выходов красного контроллера сохраняется даже при выключенном компьютере. Но если реактором управляет компьютер с помощью встроенный красной платы, то реактор погаснет вместе с компьютером.
Это возможно. По крайней мере, теоретически. В пределе можно заменить и 10 конденсаторов между реакторными тиками, но это уже на грани возможного. Малейший лаг приведёт к сгоранию конденсатора. На реальном же сервере всё зависит от лага OC относительно тиков реактора.
Кстати, если синхронизировать свои действия с тиками реактора, то в большинстве случаев можно успеть отключить редстоун, заменить несколько конденсаторов и снова включить редстоун так, что реактор даже не успеет заметить отключение и даже не снизит выработку энергии.