В зависимости от онлайна и масштабов баз может и больше месяца жить без ребутов сервер технической направленности с более чем полусотней модов. Обычно только сам процесс перезапускают.
А так, в целом, ориентируются на tps. Упомянутая же перезагрузка каждые три часа актуальна только при большом количестве игроков и игровых же сессий. Например: кто-то содержит на машине несколько серверов и возникает необходимость минимизировать объёмы задействованной майнкрафт-серверами памяти. С этой целью производится перезагрузка, после которой число загруженных чанков заметно снижается - игроку необходимо снова зайти чтобы прогрузить чанклоадеры. В таком духе. Впрочем, эффективность этих шаманских танцев так же зависит от установленных плагинов/модов, но это уже частности.
По самой реализации - наиболее удобным мне представляется использование ssh подключения для управления. Как вариант https://www.puttygen.com/make-a-minecraft-server-using-ssh
Впрочем, не могу считать себя специалистом в этом моменте.